質問者が納得以下の方法でAviUtlをセッティングすれば出来ます。
AviUtlのインストール方法、編集方法、AVI出力、MP4出力
http://www.nicovideo.jp/watch/sm13560379
http://www.youtube.com/watch?v=RsO4kXvjiTw
拡張x264出力(GUI)Exの設定についてですが、上記動画ではPASSの設定（画面左上）で「マルチパス-Nth PASS」を選択していますが、最新版では「自動マルチパス」を選択しましょう。
↓おまけ
AviUtlの使い...
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