質問者が納得一生懸命考えた痕跡がありますので、お気の毒とは思いますが、はっきりいってお店を変えたほうがいいでしょう。
まずマザーボードに選択肢がなく、二流ブランドのものしか搭載できません。なぜこのボードを選んだか?と聞けば「安くて値段調整が容易だから」としか答えようがないと思います(要するに売り手の都合) マザーボードはCPUに次ぐ重要な中枢パーツですので、メーカーは元よりグレードも幅広い選択肢があります。大手系ショップはこのパターンが多いですが、こういう部分がカスタマイズできなければBTOとは呼べないと思います。
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