質問者が納得その方法では起動情報(MBR)はコピーされませんまた、OSが起動状態ではいくつかの重要なファイル, (windowssystem32configsystem ファイル)がロックされていてコピーできないので、9X系のようなHDD全体コピーは出来ません。これは2000以降のNT系のOSの特徴です。システム全体のバックアップなら市販のバックアップソフトかVistaBusiness、Ultimateをお使いなら標準のシステムのバックアップをお使いください。この方法ならWindowsが起動出来る出来ないを問いませんし...
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