質問者が納得BIOS上で認識されていると言う事ですから、HDDのコピーに失敗している可能性が高い様に思います。
全てのコピーを行える場合でも、MBRのファイルがきちんとコピーされず、PC起動時にHDDの関連付けがBIOSではじかれている可能性があります。
一番良いのは新しいHDDを入れたまま、リカバリーを行いデータは後からUSB接続で旧HDDのデータを吸い出す方が簡単かもしれません。
【追加】
Vistaのバックアップ機能はMBRまでのコピーは出来ませんので、それだけで起動出来る状態にはなりません。
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