質問者が納得ウィルスセキュリティソフトでも検知できないタイプのウィルスなんて山ほどあります。
また一旦ウィルスに感染してしまうとウィルスセキュリティソフト自体が無効化されてしまうものもあります。
USBブートの話はUSBメモリなどをつないでませんか？または外付けのHDDとか。そういった物がつないであるとブートドライブとしても認識できるので優先順位がHDDよりも上位に来ているとそういったメッセージが出る事があります。
ブート可能なDVD-ROMなどを光学ディスクドライブに入れて置くのと同じ。
次の自分の起動したソフト...
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