質問者が納得多分、電話をする場合のデフォルトの設定がスカイプになってしまっているのではないでしょうか?
設定→アプリケーション→アプリケーションの管理→Skype で、
一番下のほうにある「デフォルトでの起動」設定を解除すれば大丈夫かと。
以前に通話をする際に、
どの通話アプリを使うか選ぶ画面が出たかと思います。
そこでスカイプを選択し、今後この設定で通話するという内容のところに
チェックを入れたため、その後の通話の際にスカイプが優先されてしまったのかと。
もしこれで解決しなかったらごめんなさい。
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