質問者が納得Windowsで認識できない(ext4)ファイルシステムのために、マスストレージでは認識しません。
(linuxベースのOSであればマスストレージでもアクセスできるがWindowsでは出来ないので、マスストレージでは認識しないように作られています。)
rootまでとっているなら、該当部分のパーティションをディスクイメージとしてPCに吸いだし、ext4の復元が出来るツールでディスクイメージで復元し、書き戻してやれば、復旧できる可能性はあります。
もしくはlinuxのext4用の復元ツールをadb経由で動かす...
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