質問者が納得AirMacを使うってのは意味不明ですが、同じiTunesライブラリに複数のデバイスを同期するのは全く問題ありません。それぞれ別のデバイスとして認識するので、好きなように同期設定すればいいんです。
私のライブラリにはiPhone4と車載用iPod nano 4thと予備のiPod nano 6thが同期されていて、全部設定が違います。
---- 補足 ----
どのアプリを同期するかも設定で決めますから、新規に追加されたアプリを自動で同期する設定にしていなければ、思わぬアプリが増えててびっくりということ...
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