質問者が納得他のバックアップソフトでもあるのですが（サーバ用のソフトなどでも）、
使用中のファイルをバックアップできない場合にエラーログとして残る場合はあります。
＊使用中のシステムファイルなどに多い。通常のファイルバックアップではダメなケースが。
実際にログに残っているファイルが実際にどうなっているか確認してみては？
エラーが出ていてもバックアップが取れている場合もあるかもしれませんし。
確実なのはイメージごとバックアップできる「TrueImage」などです。
通常のファイルバックアップでは、システムファイルなど...
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