質問者が納得お察しの通りクラスタギャップの可能性が高いでしょう。
市販の外付けHDDは通常FAT32形式にフォーマットされた状態で出荷されています。
しかしFAT32自体かなり古い形式で、1つのファイルが4GB以上の場合読み込めないなどの欠点があります。
現在の主流はNTFS。
Win7では一応対応はしていますが、サポート対象から外れていると聞いたことがあります。
新しいHDDを購入しているなら一度そちらへデータをバックアップし、FTNS形式でフォーマットしてみてはどうでしょうか。
なおフォーマット（初期化）の際は、...
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