質問者が納得NTFSにフォーマットしただけなのが原因というのはまずないでしょう。
他に考えられる原因としては付属のCDから別のユーティリティもインストールされてしまったとかぐらいでしょうか。
あとフリーズについては、データの大量コピーは普通にマシンパワーを大量消費するので、大量コピー中は何もせずに放置しておくのが一番です。あせってあちこちクリックしたりするとそれがフリーズの原因になったりします。
まとめとしては
NTFSフォーマットを元に戻すというのは簡単ですが、それはまず無意味でしょう。
何か常駐ソフトが入っている...
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