質問者が納得単コア性能でCorei3/i5はCore2Duoに勝っているのは事実ですが、ソフトウェアのほうが、マルチコア/マルチスレッドに対応していないと残念ながらかけた値段ほどの性能向上は見込めません。
エンコード中に、CPU使用率が100%に近いほどCPUの能力をフルに使っていることになります。マルチコアに対応していないエンコードソフトの場合は、最大でもCPU使用率が50%前後、つまりフルに使えていないという場合が多いかと思います。
ほかの作業をするならこれでもいいと思いますが、エンコードマシンとして考えた場合は...
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