質問者が納得VSVの疑いが強そうですが、壊れて作動していなければ、冷間時の制御も出来なかったはずですが・・。もしかすると、VSVが微妙にヘタっていて、冷間時の制御は出来るが、高ブーストになると制御が追いつかなくなるということもあるかもしれません。
多少、車に負担をかけるリスクがありますが、VSVの配管を外してメクラをし、完全に作動しない状態を作って乗り比べてみるというのはどうでしょうか？
それ以外で、ターボ車の一般的な原因究明に従うと、点火系が弱っていて高ブーストがかかったときに点火不良を起こしている。それがたまた...
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