質問者が納得1007はたしか2トロニックというクラッチ操作を自動化した「ATのようなMT」でしたね。
停止中はクラッチが切られているので、エンジンマウントゴムの劣化によりエンジンの振動が強くなったのかもしれません。（そもそも1007クラスではそれほど防振・遮音に力を入れていないためある程度は仕方ないと思います。）
水が沸騰するような音についてですが、私はプジョーの207SWに乗っていますが、そのような音はしないので「異音」と考えてよいと思います。一度、販売店で見てもらった方が良いでしょう。
以下、余計なお世話です。
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