質問者が納得フォーマットしたと言っても論理フォーマットでしょう。
物理フォーマットの上に論理フォーマットが成り立っている仕組みを簡単に説明すれば、下記の様になります。
まず、HDDが作られた状態では真っさらです。
そこに物理フォーマットをかけると1～100の部屋（セクター）が出来るとします。
そこに論理フォーマットをかけると、1がMBR、2～40がCドライブ(NTFS)、41～100までがDドライブ(NTFS)と決まる訳です。
今回の症状は、引き続き簡単な説明を例に取ってたとえると、Dドライブに割り当てられた41～...
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