Mac Pro タイミングの解決方法

質問者が納得インストールＣＤでの起動は問題無いとのことなので、HDDの読込み＆書込みエラーが発生している状態で、HDDの死期が近いのが原因ではないかと推測します。 購入してから一度も起動用HDDの交換をされていないのでしたら、別のHDDにシステムをインストールして動作確認されてみてはいかがでしょうか。