iBook 掃除中の解決方法

質問者が納得いろいろと無理をされているように感じます。MacはWindowsほど単純ではないので、整合性がとれなくなってしまったのではないでしょうか。原因を考えても余り意味がないケースだと感じました。ですので、データを退避させて、ハードディスクの初期化、再インストールをされた方がいいと思いますよ。今後ソフトウェアアップデートを行ったような場合に、余計に挙動がおかしくなる事が予想されるからです。週末がつぶれる可能性がありますが、私なら素直にバックアップを取って初期化しますけど…。