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もとのテープに記録されている映像がドロップアウトしている可能性が高いです。
たぶんソフトがどうのこうのの問題ではありません。

記録時（再生時）にテープとヘッドの間にホコリが入ったり、テープとヘッドの接触が悪く浮き上がったときに、一時的に生じる現象で、ほとんどが記録時に起き、その場合は回復することはできません。

普通の再生時には気がつかないことが多く、キャプチャーしてみて初めて発覚することが多いのです。
ＥＤＩＵＳではご指摘の通り、各種分割設定が可能ですが、ドロップアウトがある場合は、当然のことながらそこで分断されます。

仮に、その分断を関係なくキャプチャーできるソフトが存在したとしても、その部分は途切れていますから同じ事です。
ＨＣ３のように、ＨＤＶで撮影された映像はＭＰＥＧ２という、フレーム間圧縮された映像で、１５コマがＧＯＰ（グループ・オブ・ピクチャー）という単位で扱われているため、一旦ドロップアウトが生じると、最低でも０．５秒間、映像も音声も遮断されます。
ひどい場合は、それが０．５＊○○で続くこともあり得るわけです。

これは、フレーム間圧縮されていないＤＶモードでは、若干のブロックノイズで済んでいたことです。
業務用ＨＤカメラとしては根強い方式のＨＤＶですが、これが唯一の欠点の一つです。

テープは何を使っておられましたか？
むろんメーカーの勧めるＨＤＶ用のテープが一番ドロップアウトが起こりにくいのですが、一般用のＤＶテープでは、ＳＯＮＹ以外は結構ドロップは起こるため、安いＤＶテープを流用する場合は、皆さんはＳＯＮＹの赤テープを使っています。

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補足に対して
再生（キャプチャー）のたびに、ギャップの位置が変わるのは、たぶん再生時のドロップアウトもしくはデッキ（カメラ）の不具合ではないかと想定されます。
私もＨＤＶの使用は長かったのですが、ほこりっぽいところで撮影中、「ここではドロップアウトが起こるだろうな」と予測した箇所以外では、ほとんど起きていません。
むろんこの場合は記録時点で発生したものですから、キャプチャーごとにギャップの場所が変わることもありませんでした。
ただ、キャプチャーに一度失敗しても、ヘッドクリーニングしたら次はできて改善したという例はあります。

ｍ２ｔでもＨＱでも条件は同じです。
普通ｍ２ｔでキャプチャーできるＰＣの場合は、ｍ２ｔのほうが変換を伴わないため良いのですが、以前ＨＤＶが出た当初、ダイレクトにｍ２ｔでは取り込めないＰＣしかなかったころ、少し性能の良いＰＣでのみ、ＨＱ変換しながら取り込みが出来たという時代があります。

その観点から言うと、ＰＣ自体もしくは１３９４インターフェースの問題もあり得るかも知れません。
いずれＥＤＩＵＳ自身の問題では無かろうと思われます。