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マフラーの形状や仕様で出力特性が変化するというのは実際にありますが、サイレンサーを付けるとトルクが上がるという物ではなく、単にバランスが崩れて性能が低下したエンジンが、正常な状態に少し近づいたというだけだと思います。
エンジンは吸気系に合わせてバランスの取れた排気効率が得られるように設定をする必要が有り、無暗に変更すればバランスが崩れて出力が低下するだけなので、サイレンサーを付けただけで改善する場合もありますが、決して元の性能に戻ったとか出力がノーマル時より向上したという分けではなく、太すぎるマフラーで低下した出力が幾分改善したというレベルだと思います。
排気系を変更するのであれば、キャブの口径やベンチュリー形状を変更して、ジェットも適正な物に変更した上で燃調を合わせ、それに見合ったカムアングルで点火タイミングも適合させた状態から、排気系と合わせてセッティングをする必要があります。
排気系だけ変更して、バランスが崩れた状態であれば、何かしら交換すればそれなりに変化もしますが、それをやることで必ずしもトルクや出力が向上するという分けではなく、バランスの崩れたエンジンに排気抵抗を付けたら偶々いい方向となって改善したと考えるべきでしょうね。