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結論から言いますと、担当の整備士次第だと思います。

コバックはフランチャイズなので、それぞれの店舗は元々一般の整備工場だったりします。
料金やサービスはどこのコバックでも同じはずですが、店舗や整備士によってチェックの厳しさや技術は違ってきます。
自分で故障箇所が特定出来ている場合は話が早いんですが、そうでない場合は整備士次第と言いますか、担当者のスキルによりけりですね。

ただ車検には関係ない不具合の修理でも、車検と同時の作業なら割安でやってもらえます。
経験豊富で技術のあるスタッフがいれば、不具合の原因特定と修理も確実にやってもらえる可能性はあります。
逆に言うと、見つけて欲しくない不具合も見つけられる事があるんですが・・・。

立会い検査の段階でキャンセルしてもキャンセル料は取られませんので(私の場合はそうでした)、車検満了日まで余裕を持った上で、不具合を相談したり見積もりを出してもらえばいいんじゃないでしょうか。
それで気に入らなければ他のコバックに行ってもいいでしょうし、ディーラーに行ってもいいと思います。
仮に作業ミスがあっても2年間（店舗で違うようです）は保証してくれるはずですし、中古部品やリビルド部品での補修もしてくれるので、その点ではディーラーよりも融通が効き易いですね。
整備や修理は全てこちらが納得した上での作業になりますし。

私は10年以上コバックで複数台の車検を受けていますが、大きな不満はありません。
最近は行政指導が厳しくなったそうで、以前はOKだったのに今はNGになったと言う事があり、押し問答になった事はありましたが・・・。