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鍵屋です。
文章がちょっと分かり難いのですが・・・・
まず鍵はキーレスかと思います。ドア開閉のリモコンに鍵が収納されているとの事ですがこの鍵はメカニカルキーという物です。
非常時用に使うためについており、電池切れなどの際にドアの開閉やIGキーシリンダーに直接挿して動かすための物となっています。
電池を交換する前はきちんと動いていたとして、電池交換後に動かなくなったというのであれば電池の入れ方が悪いのかも知れません。説明どおりに電池交換したか再確認して下さい。

次にドアキーをメカニカルキーで開いてエンジンをかけるのは鍵を挿さないでスタートできるという事です。
MRワゴンの場合、ドア開閉ボタンで開錠しないでメカニカルキーでドアを開けると警報が鳴るシステムを採用しています。
もし警報が鳴らないでさらに室内に乗っている状態でエンジンをスタートできているとすると範囲は狭まってきます。
確認してもらいたいのですが、室内に乗ってドアを閉めエンジンをかけて運転席ドアのドアロックを左右に動かしてもらい車内のロックがすべて連動してロック・アンロックするか確認して下さい。
もし連動して動くようであればキーレスの設定が電池交換で消えてしまっているか電池の入れ方の悪さで動かないのかも知れませんし、ドアロックを動かしても室内のドアロックが連動して動かなければドアの内側にある錠を開閉させるアクチュエーターが壊れた可能性があります。
それからキーレスのボタンの斜め上に楊枝の頭ほどの小さな丸い凸があり開閉ボタンを押すと赤いランプが点くようになっていますが押した際に赤いランプが点くか確認して下さい。
もし点灯してなければキーレス本体のドアロックを開閉させるユニットに異常があって電波が飛んでいないのかも知れませんし仮に点灯していてもドアの錠が開閉されなければやはり設定消えかユニット異常かと思います。

ディーラーで見てもらうのが最善かと思います。設定消えなら再設定で直ります（この程度なら費用は殆どかからないでしょう）
もしキーレスユニットに異常がある場合、新品を購入して再登録となるかと思います。
新品は８０００円前後ですが在庫は持っていないでしょうから、数日から１週間程度待つ必要があります。
登録自体は数分なので面倒な作業にはなりません。
先ほど言ったドアの内側にあるアクチュエーターの故障の場合、ユニット交換となるので２万円前後の出費になるかもしれません。
こちらも部品取り寄せになるので数日から１週間程度待って１日お預かり修理になるかと思います。

専門的な部分が多いので判断しにくいのであれば、ディーラーに行って調べてもらうのが手っ取り早いですよ


追記です
なるほど。補足からすると設定が消えているのかも知れませんね。
（キーに赤いランプが点いているということは電池起因では無さそうです）
再設定は少々面倒で６０秒以内で登録しないといけないのと防犯上メーカーからの設定に
関する開示（設定手順のようなもの）がユーザーにはないのででとりあえずディーラーですね。

それからお節介ついでですがもし２万キロ以上走っていたなら、ほんの少しお金を出して
プラグ交換してもらうと良いですよ。
MRワゴンはプラグの異常劣化がありますので少し痛い出費かも知れませんがエンジン始動や
中低速のアクセルの踏みなど結構変わりますのでお勧めです。

どこの故障か調べる必要があります。

鍵なのか車側なのか。

ディーラーで調べてもらってください。

見積もりをくれますよ。