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結構違います。
一言でＥ０７Ａと言っても売っていた期間が長い（現行でもあります）ですから形式呼称は同じでもエンジン自体のマイナーを何度もしていますし、コンピュターは全部違います。
年式ではなくて同じ車種では引き続き同じ仕様で売ってたものもありますが、スワップなどするなら補器類だけでも付け替えないと駄目な場合は多いです。
センサー類の取り付け部が加工が無かったり、オイルパンやブロックの加工が違う部分もあります。
特に６４馬力物はトゥデイとビートでも違います。

ちなみにＥ０７Ａとはホンダが国土交通省に届けているエンジン形式で、同一製作者（メーカー）が同一排気量、気筒数、ボア×ストロークのエンジンを一度申請すれば外観が変わろうが動弁形式が変わろうが（ＯＨＣがＤＯＨＣなど）同じエンジン形式を名乗る決まりがあります。
昔のトヨタのＭ型など全然違うものでも車検証には「Ｍ」とだけしか記載がありません。
これと同じでＥ０７Ａだけで単純に同じではありません。