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iTunesのライブラリというのは、実際の曲が保存されている場所ではなく、実際の曲を参照するリストに過ぎません。リンクと言ってもいいでしょう。
したがって、実際の曲がPC内のどこにあろうとも、極端な場合外付けメディアにあろうとも、iTunesのファイルメニューからそのアルバムフォルダないし曲ファイルを取り込む（正確には、リンクさせる）ことでライブラリにリストが作成され、クリックすることでリンク先のファイルが開かれて、再生ができるようになるわけです。
これでは、実際の曲の場所やファイル名がPC内で変更された場合などに参照できなくなったり、iTunesを外付けメディアにバックアップする場合にライブラリというリストと実際の曲との関連付けができなくて不便なことになります。

そこで、【ライブラリへの追加時にファイルをiTunes Mediaフォルダにコピーする】ことで、ライブラリというリストにある曲が実際に必ずiTunes Mediaフォルダという特定の場所に存在するようにする機能が設けられているわけです。

ライブラリを複数つくれる機能を使った場合にこのコピー機能にチェックをつけると、質問の例では、同じ曲がiTunes Mediaフォルダに３曲できて重複し、無意味にHDD容量を喰うことになります。
場合によっては、ブーメランの如く、それぞれのライブラリにその３曲が意図せず重複して反映されるということにもなりかねません。

これは、PCのユーザーアカウントが同一なため、ユーザーフォルダのiTunes Mediaフォルダも一つしかないからです。

したがって、Appleのサポートサイトにあるように、チェックを外すのが正解というわけです。

なお、CDから取り込んだiTunesに曲はiOS端末のバックアップの対象ではありません。iOS端末のバックアップの対象は、音楽ではiTunesStoreで購入した曲だけです。
iTunesでの同期、iTunesのバックアップ（PCのリカバリや買換えへの備え）、iOS端末のバックアップ（iOS端末のリセットや買換えへの備え）はそれぞれ似て非なるものであることに留意してください。

個人的には、ライブラリを複数つくれる機能を使うよりは、PCのアカウントを複数つくることでiTunes Mediaフォルダを複数つくった方がiTunesでの同期もiOS端末のバックアップも紛らわしくないと考えています。この場合は、コピー機能を有効にしても重複はしません。