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3Dの映像を楽しみたいということですが、ディスプレイだけでは見ることが出来ません。

今のところPCで３D動画を楽しみたいのであればNVIDIA ３Dvisionに対応したグラフィックボードを購入し
http://www.nvidia.co.jp/object/3d-vision-main-jp.html
こういったものを使用、しかもそれに対応したモニターを用意する必要があります。

一般的な液晶モニターでは見ることが出来ません。
（通常のモニタは６０Hzですが、３Dvisionで３D映像を見るには１２０Hzのモニターが必要です）
こういったモニタは安くても４万円くらいします。
ブルーレイの３D映像の場合はGTX２００以降の製品が必要になりますね。

ですが、ぶっちゃけ評判は悪いです。目がチカチカしますね。
自分も店頭で見たことがありますが、普通の３Dテレビと一緒に考えると失敗します。

HDDの件は・・・・消耗品とお考えくださいｗ

マザーボードは
http://kakaku.com/item/K0000073240/
これで良いと思います。とても評判が良い安定した板です。
値段もまぁまぁですね。
i5の場合はCPUソケットがLGA１１５６、チップセットがP55というものを購入すれば大丈夫です。
たまにBIOSがCPUに対応していないということがありますが。

メモリはDDR3であれば大丈夫です。
安定性を求めるならDDR3 PC3-10600を。
それよりすこし速くなってDDR3 PC3-10666。
速度を求めるならDDR3 PC3-12800です。
２G×２本の合計４Gのものが良いでしょう。

現在のグラフィックボードは取り外して使うことは出来ます。
ただPCゲーム等するのであればもう少し良いものに買い換えたほうが良いでしょう。
最低でもGTS２５０くらいは買っておいたほうが良いかと。
値段は１万円くらいです。

OSはメモリを４G以上搭載するつもりが無いのであれば３２bitでOKです。
３２bitOSはメモリを最大で３.３Gくらいしか使用出来ません。
６４bitは最大１６Gまで対応してます。
ですのでメモリ量を目安に選択したほうが良いです。
ちなみに３２bitじゃないと動かないソフトはありますが６４bitじゃないと動かないソフトは今のところありません。
利便性を考えてもPC性能第一でないのであれば３２bitの方が汎用性は高いです。


＊＊＊＊＊補足について＊＊＊＊＊
かなりの長文になってしまっていますがご了承ください。

今現在の主流はまだ３２bitですが、メーカー製PCでも６４bitが多くなってきてます。
これは確かに将来性を見据えたものだと思います。
一般的な人はPCを壊れるまで使うでしょう。それこそ５年とかは当たり前なくらい。
そう考えると５年後にはおそらく６４bitは当たり前になっている、かもしれませんね。

近年のPCはメモリ搭載量は４Gが当たり前になってきています。
ですが上記で説明したとおり３２bitは３.３G程度しか機能しません。
これはコントロールパネル上からも見ることが出来るため、このような知識が無い一般人が見たら
「カタログには４Gって書いてあるのに３.３Gしか表示されていない！壊れてる！」とクレームを付けてくることが目に見えてます。
また製品特徴として地デジチューナー内臓PCが多くなってきています。
地デジ視聴ソフトというのはメモリを多く食うので６４bitでキッチリ４G認識させて運用するという考えかもしれません。

他にもPCのパーツやシステムによる部分で６４bitにせざるを得ない場合もあります。
intel Corei7はデュアルチャンネルメモリ対応であるため、それに伴いメモリ量は３の倍数分搭載することになります。
トリプルチャンネルとはメモリを３枚を１セット（もしくは６枚を２セット）として機能させるテクノロジーです。
i5等はデュアルチャンネル（２枚を１セット、４枚を２セット）。

このトリプルチャンネルというシステム上メモリは３G、６G、１２Gという搭載量になるため、市販PCでi7を搭載している場合は６G搭載で６４bitにせざるを得ないというところがあります。
i5でも４G搭載モデルがあるのにi7で３Gだとカタログ上の数値としてはよろしくないですからね。

ただ自作者は今買ったOSを５年後まで使わなくてはならないという縛りはありません。
将来的に６４bitOSに買い換えればいいだけです。