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私の環境
OSはVista
HDDを3台（内2台をRAID0、残り1台を非RAID）
SATA光学ドライブを2台
マザボはGIGAのGA-EP45－UD3R
でPCを運用してます。

OSの違い、HDDとSSDの違いはありますが
チップセットがP45+ICH10R、RAID0環境が同じなので回答します。

●【SATA １ Drive - ATAPI Incompatible Press F1 to Resume】の
表示については
SATA１につないだ光学ドライブはRAIDモードに対応してないのでその表示は
当然出ます。
（光学ドライブをSATAで接続してもSATAの転送速度になるだけで、BISOで
認識するのはATAPIドライブとなります。）

＞起動後は正常に動いており、OSでも認識していますし、書き込みや消去も
＞問題なく行えます。
については、ICH10RがSATAをRAID（AHCI）モードで使用しても、OS上で
RAID（AHCI）モード非対応のSATA接続の光学ドライブを認識するように
サポートされてるからです。

＞（RAID BIOSではBDドライブは表示されていませんでした）
光学ドライブはRAIDモード非対応なので当然RAID BIOSには表示されません。

BIOSの設定を変更せず
【SATA １ Drive - ATAPI Incompatible Press F1 to Resume】の
エラー表示を出したくないなら、SATA接続の光学ドライブをIDE接続の
光学ドライブに変えるしかないかと思います。

それでもF1エラーが消えると限りませんので、素直にBIOSで
マニュアルの3-36「Wait For'F1'If Error」を「Disabled」に
した方が楽かと思います。

下の画像は私の「Intel Matrix」ですが、転送速度が違うドライブをSATAに
接続する場合は、速度の速いSSDやHDDはできるだけSATAの先頭のポート
速度の遅い光学ドライブはSATAポートの後方に接続することをお勧めします。
また、後からドライブを増設する時も楽です。