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災難でしたね。

保存先はそれを利用するアプリで決まっているので、
変更する設定が各アプリになければ、
保存したものを自分で移す必要があります。

QuickPic
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.alensw.PicFolder
簡単なのはこのアプリで、
SDカードに保存されてるフォルダと同じフォルダに移せばいいです。
サムネイルつきでフォルダを確認できますし、
フォルダ作成、移動等が可能なアルバムアプリです。
細かくフォルダ分けや表示設定があるので併用されると便利ですよ。

移動したい画像のあるフォルダを開く → 画面上部のチェックアイコン → 画像を選択 → 画面上部のメニューアイコン → 移動orコピー → 移動先のフォルダを選んで 大きなチェックアイコン

下記のアプリもそうですが、
自分でフォルダを作って管理も可能です。
メニューアイコン → 加える
からディレクトリを選択して【新しい】を選べばいいです。

ESなら作りたいディレクトリやフォルダを開いて【新規】からです。
ESの方が分かりやすいかもですね。


ES ファイルエクスプローラー
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.estrongs.android.pop
データ管理はこれが有名で基本です。

たくさん表示されるフォルダから、
【external_sd】フォルダを確認してください。
これがmicroSDのディレクトリです。
このフォルダ以下にあるものは、
microSDに保存されてますし、
そこに移動すればmicroSDに移せます。

注意してほしいのは、
mnt/sdcard/external_sd←microSDのディレクトリ
mnt/sdcard/download←本体のdownloadフォルダ

sdcardとあるのでmicroSDと思いがちですが、
external_sd以外のフォルダは本体です。

移したいデータのあるフォルダを開いて【選択】→ 選択したら画面下部の【他】 → 移動orコピー → 移動先を選択

どちらにも言えることですが、
このような編集にも消えるリスクはあります。
なるべくバックアップしてから行う、
コピーにしておき無事完了してから元のデータを消す、
余り一度に大量に行ったり、複数フォルダを移動したりはオススメしません。

また、microSDだけだとバックアップとしては不十分です。
オンラインストレージやHDDなど他の保存先も試してみるといいと思います。