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ズバリ違うのはカメラのカテゴリーですね。

オリンパスのE-PL1は一眼レフではなく、コンデジの基本構造に一眼レフと同等サイズのセンサーを載せ、レンズを交換式にしたデジタルカメラで、オリンパスは「マイクロフォーサーズ規格準拠レンズ交換式デジタルカメラ」と呼んでいます。
同じようなカメラにパナソニックのGF2他があり、同じコンセプトでセンサーがAPS-CなのにソニーのNEXがあります。

KissX3は純然たるデジタル一眼レフカメラです。

撮影に関わる主な違いは
ファインダーがE-PL1（以後PEN）が「背面液晶」（か別売りの電子ビューファインダー）なのに対してKissX3（以後X3）が「光学ファインダー」（背面液晶によるライブビューも可）。
背面液晶の方が拡大や情報表示が出来る。光学ファインダーの方がタイムラグが無く見たまんま。

撮像素子のサイズがPENが「フォーサーズ」なのに対してX3が「APS-C」
フォーサーズのほうが小さいので同じ焦点距離でより拡大される（APS-Cで撮った画像の中央部をトリミングした感じ）。APS-Cの方が一回り大きくボケ量の面や画素ピッチで有利。フォーサーズでもコンデジの小さなセンサーに比べれば大きいんですけどね。

AFがPENが「コントラスト検出式」なのに対しX3が「位相差検知式」
物理的にコントラスト検出式はレンズを駆動しながら合焦させるので時間は掛かる。位相差検知式は基本的にピント位置が決まってレンズが動くので早い（条件によってどちらも迷うことはある）。物理的にはコントラスト検出式で位相差検知式の合焦速度を上回ることは精度を犠牲にしなければ困難だとされています。ただ、合焦精度ではコントラスト検知式に軍配が上がります。

このように書くとX3の方が優れているように見えますが、カメラは持ち出してナンボですのでPENのコンパクトさは大きなアドバンテージになります。

最終的には実際に触ってみて質問者さんの手にしっくり来るカメラを選んだ方が後悔はしないと思います。

【補足見ました】
α33も一眼レフではありません。ミラーはありますが半透過ミラーで、光の一部をファインダーではなく位相差AFセンサーに送っています。
ファインダーはE-PL1と同じEVFか背面液晶で、サイズはKissと大差ありません。
この二機種を比較すると圧倒的にKissをオススメです。

半透過ミラーの真価は連写速度向上と動画撮影への親和性向上ですが、αはセンサーの発熱のために動画性能も中途半端で、連写も一眼レフの中級機等と違ってボディの性能による制限が多く、透過ミラーにした意味がよく分からない機種になっています。

実際にα55・33はセンセーショナルに登場し、一次は品薄になる状況でしたが、今はかつてのソニー製一眼レフと変わらないポジションに落ち着いています。ソニーは既存の一眼レフを透過ミラー機に置き換えるつもりのようですが、市場の反応を見る限り大コケしそうな状況です。

KissX4と比較するのならニコンD3100やペンタックスK-rになると思いますが、動画性能を期待されているのならビデオ専用機を考えた方がよさそうです。一眼レフのビデオは映像はそれは素晴らしいのですが、使い勝手という面ではなかなか使いづらいものです。
実質AFは使い物になりません（コントラスト式は遅く、位相差式は作動音をビデオが拾う）し、ブレなどにもシビアです。
一眼レフはビデオ三脚に据えて、スッとマニュアルでピント合わせできる技術があればきれいに撮れますが、手持ちでスナップ的に撮ったら普及クラスのビデオカメラのほうが遥かに見やすい映像が撮れます。