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AviUtlで画質が悪くなるのは、
設定が悪いからです。
可能性としては、
・AviUtlの画面サイズ設定が悪い。
・ビデオキャプチャ、ビデオカメラ、DVDなどの映像を編集する場合、適切な「インターレース解除」の処理が必要。
・AVI出力の圧縮設定（エンコード設定）が悪い。
などが考えられます。

そもそも、AviUtlを使っているのに、他のソフトでMP4にコンバートするなんて、作業時間的にも、画質的にも、無駄です。
MP4ファイルを作りたいなら、AviUtlから直接作成しましょう。
AVI出力ではなく、MP4出力（拡張x264出力）をするんです。

以下の動画を参考にどうぞ。
↓AviUtlのインストール方法、編集、MP4出力、動画UP等の方法も紹介
http://www.nicovideo.jp/watch/sm20449687
http://www.youtube.com/watch?v=99ZohaZ_Bb8&hd=1
AviUtlの使い方、編集方法
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n2079


画面サイズについてですが、
「1080x720」という画面サイズは、ちょっと一般的ではないですね。
ワイド画面（16：9）でもなく、
スタンダード画面（4：3）でもなく、
3：2ですね。
画面の縦横比（アスペクト比）が狂ってませんか？
ワイド画面なら、1920ｘ1080、1280ｘ720、854ｘ480・・・この3つのうちのどれかを使うことをお勧めします。


ちなみに、貴方の設定でAVI出力で画質が悪い原因は、
「圧縮率の悪いXvid形式を使い、1080x720という大き目な画面サイズの割に、小さ目なビットレートで圧縮している」・・・というのが原因です。それプラス、もしビデオ映像の場合「インターレース解除がされてない」・・・とか。

適切なお勧めの方法は・・・。
AviUtlの画面サイズは、1280ｘ720か、854ｘ480を使い、
インターレース解除を適切に行い、
AviUtlで字幕編集などをしたら、
AviUtlでMP4出力をする。
MP4出力時の映像ビットレートの数値は、500kbps、1000kbps、2000kbps、・・・とか、それぞれ実験して画質の違いを確かめてみましょう。



追記
一応、もう一度具体的に箇条書きに言います。
高画質を目指す方法です。
・編集ソフト（AviUlt等）だけを使う。１つのソフトだけを使う。編集ソフト他の変換ソフトなどを併用すると低画質化する。
・AviUtlでは、AVI出力ではなく、MP4出力（ｘ264出力）を行う。
・Xvidは低画質（低圧縮率）であることを理解してください。
・XvidやDivXはMPEG-4の亜種です。画質を犠牲にして手軽にした仕様です。高画質を求める場合は本家MPEG-4であるx264を選択しましょう。
・画面サイズは適切に。
・インターレース解除は適切に。
・映像ビットレートは、ハイビジョン（画面サイズが大きい動画）でも2000kbpsで高画質の域に達するはず。とりあえずは4000kbpsなんて必要ない。2000kbpsで低画質になる場合は、ほかの部分に原因があります。

>kbpsってのは数字を入力するところに ５００ と書いてあります
それはany video converterでいう動画ビットレートです。
ビットレートとは1秒当たりのデータ量みたいなものです。
この数値が高いほどソース(元動画)に近い画質になります。同時にファイルサイズも大きくなります。
8000kbpsとか高い数値に変更すれば改善すると思います。

MP4出力で時間がかかるのは多分これも設定が悪いんでしょう。
どんな設定をしているのかはわかりませんが、速度優先で画質を犠牲にすれば早くなります。

あとはUt VideoやHuffyuvなどの可逆圧縮コーデックを使う方法があります。
ファイルサイズが大きくなりますがソースと全く同じの動画が出来上がります。

senter_ready_goさん