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「同期」と言うのは基本的に最新状態に合わせる行為です。
ですから優先されるのは最後に変更された状態と言う事になります。
iTunes や iCloud が優先されるのではなく、それらはハブ（データ同期の中心的存在）として存在します。

つまり、 iPhone で追加/修正/削除した場合に iCloud で有れば即時、 iTunes であれば同期作業した時にその結果が iCloud なり iTunes に反映されます。
逆に iTunes なり iCloud で追加/修正/削除した場合はその結果が iPhone に反映されます。

そしてご使用の iPhone 以外の iOS 機器が同じ様に iCloud なり iTunes の状態を反映します。
これが iCloud や iTunes がハブ（中心）と言う意味です。

iPhone からＡを削除し、 iTunes にDを追加すれば、同期した時に iTunes からＡが削除され、iPhone にＤが追加されます。

しょっちゅうパソコンと同期させないのであれば、iCloud で同期出来る項目は iCloud に同期させておく方が便利というか安全でしょう。
そして自宅にWi-Fiが有るのであれば、バックアップも基本は iCloud で行い、念のためパソコンに同期する際についでにパソコンにもバックアップする様にすればより安全です。

なお iPhone に限らずパソコンでもデータは必ずバックアップを考えておいて下さい。
電子機器はいきなり全てのデータが無くなる事があるのが当たり前だと言う事です。
上手くクラウドサービスを利用して写真などのデータを安全に保護して下さい。

なお購入前の注意事項とかを書いていますので私の知恵ノートも参照していただければと思います。
URLが書けなくなったので不便ですが、私の名前の所方たどって下さい。