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手持ち重視なら60mmの方が失敗しにくいです。
90mmは手持ち可能とはいえ近寄ってのマクロ撮影で手持ちだとかなり練習しないと中々上手く写りません。
（望遠として使う分には手持ちで問題は無いのですがマクロ撮影ではAFでピントを追い込むのが難しいのと少しの動きですぐにぶれてしまいやすいです）
90mmまで視野に入れるなら純正の手ぶれ補正付きの100mmマクロの方が扱いやすくなります。
蝶やトンボなど逃げやすく近づいて写しにくい被写体なら少しでも焦点距離の長い方が有利ですが焦点距離が長くなればなるほど手持ちが苦しくなります。

60mmで純正とタムロンを比べると純正はマクロレンズとしては標準的なくっきりかっちりした写り、タムロンはややソフトですが絞り値を大きくすればかっちり写ります。
絞り値が小さい時のボケ感はタムロンの方が良いと感じる人も多いです。
（感じ方は人それぞれなのでどっちが良いと断言しにくいですが・・・）

図鑑的なニュートラルでしっかりした写りを重視するなら純正、
花の柔らかさなどを重視して写したいならタムロンといった感じで選ぶと良いのでは。

レンズの作りは純正の方がしっかりしてます。
操作感はどちらもAF後の微調整がしやすいフルタイムマニュアルフォーカスが可能なのでほとんど同じですがピントリングの感触は純正の方が良いです。
マクロ撮影でマニュアルフォーカスメインで写すなら純正の方がストレスは少ないと思います。
（ピントリングの感触は結構重要です）

マクロレンズに限らず交換レンズはAF時のピントずれが起こる場合が有るので使ってみてピントがきちんと合わない場合、メーカーに出して調整してもらう必要が出てきます。
他のレンズ（最初に付いてきた標準ズームなど）との調整バランスも有るので純正だとその辺りの安心感は有ります。
（純正だとボディと使用レンズをまとめてメーカーに送って他のレンズも最低限、確認はしてもらえますがタムロンの場合はボディとタムロンのレンズのみなので他の純正レンズは対象外になります）

まずは純正を選んでおく方が無難ですが表現したい明確なイメージ（ピントは合いつつも出来るだけソフトにとか）が有ってタムロンの方がそれに向いてるならデメリットを確認した上で選ぶのも良いかもしれません。

まずは両方のレンズで写した写真を出来るだけたくさん見てどちらの描写が自分の好みか確認してみてはどうですか。
http://ganref.jp/
http://photohito.com/
こちらからレンズ名で検索すればたくさん見つかります。
絞り値やシャッタースピードなどのデータにも注意してみれば写し方の参考にもなります。

ちなみに同じクラスだとシグマ70mmF2.8マクロも有りますよ。
（大きく重くなりますが純正とタムロンの良い所を併せ持った写りです、フルタイムマニュアルフォーカスが出来ないのがちょっと残念ですが・・・）