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プロテクターレンズは、関係ないですが、なぜにワイトバランスを手動にしているか分かりませんが、自動にセットしなおして、機能が、動作するかの確認が、必要と思いますが。ワイトバランスは、蛍光灯、白色灯、LED灯などにより、色々と変化するので、そのつど、調整する必要がありますが。

蛍光灯の方が太陽光よりも色温度が低いとは限りません。
例えば、日立のトロピカルLでは3000K、トロピカルN5600K、
トロピカルD7500Kと言う具合に、日中の太陽光（5500K）
よりも色温度の高い蛍光灯はあります。
ひょっとしたら、蛍光灯を取り替えたりなどしていないでしょうか？

他に考えられるのは、ブラックバランス機能が付いているのに
ホワイトバランスだけ取って、ブラックバランスは取っていない
場合など、いくらホワイトバランスを取っても色調が狂ってしまう
ことがあります。

その他、室内の蛍光灯下でホワイトバランスを取る場合ですが、
外光が入ってくる部屋では、同じ時間帯にホワイトバランスを
取ったとしても、季節が違うと色温度が違ってきます。
冬場は日が低いので直接太陽光が差し込んだとしても、夏に
なるに従って日が高くなるので、部屋に間接的な太陽光しか
入らない場合は、色温度が上がったり（多分）します。

もちろんカメラ自体の不具合も考えられますが・・・・
プロテクターは関係ありません。
今、思いつくのはそれくらいです。