プリンタの修理屋です。
「iPF6000S」でしょうか？
扱いが違って、守備範囲外の商品ですけど・・・・
質問文の取り方の問題なのでしょうけど、同じデーターを同じ用紙で、フォト半光沢モードにすると汚れて、厚口コート紙モードにすると汚れないという事でしょうか？
それとも、同じデーターで、用紙を架け替えると汚れが変わるという事でしょうか？
用紙を架け替えると汚れが出るという事でしたら、設定は関係ないはず。
確認は簡単です。汚れが出るというフォト光沢紙を使って「厚口ロール」の設定で印刷します。
汚れが出れば設定ではなく、用紙の問題＝機械のトラブル。
汚れが出なければ、汚れではなく、何らかの印刷が行われている可能性があると考えて良いと思います。
個人的には、前者の可能性が高いのではないかと思います。
純正用紙の厚さを調べてみましたけど、
フォト半光沢HG（厚口）で、２５５g／㎡
フォト半光沢HG（薄口）で、１６７g／㎡
厚口コート紙HGでしたら、１４５g／㎡
http://cweb.canon.jp/cgi-bin/lfp/option.cgi?pcd=iPF6400S&ctg=001フォト半光沢紙はかなり厚くなりますので、紙の搬送系に汚れが溜まっていて、厚いとこすれて汚れるという可能性が考えられます。
右端というのは、正面から見てですよね。
普通、正面から向かって右側が機械上の原点となり、パージユニットなどがあります。
そこで、ヘッドクリーニングなどが行われますので、その近くはインクミストが飛び散って汚れることがあります。
正面から見て右側のフチが汚れるというのは、普通のインクジェットプリンタでも起こります。
ただし、簡単に清掃できるかどうかは不明です。
販売店などに修理を依頼したほうが確実だと思います。
