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ご指名でのご質問ですので、頑張ってお答えします。


まず、ＡＭ３+フォームファクターのマザーボードの選び方です。

Ｍ／Ｂにはノースブリッジとサウスブリッジが搭載されていて、お選びのＭ／Ｂの場合、990ＸとＳＢ950が採用されています。

ノースブリッジは990ＦＸ→990Ｘ→970→890ＦＸ→880→870（かなり単純化してます）の順で上位な物になります。
このうち900番台のものは最新のＦＸシリーズのＣＰＵに正式対応しています。800番台もＢＩＯＳの書き換えによって対応していますが、今後登場するＦＸシリーズの動作は保障されていません。
また十の位は基本的には性能を示し、一番違う事は２枚以上のグラフィックボードを使用する場合、同時に使えるPCIexpressのレーンの数が違います。これはグラボ２枚以上を使ってグラフィック性能を上げたいユーザーしか関係の無いことです。
そして最後に付くアルファベットですが、ＦＸは最上を表し、Ｘは上位を表します。そしてＧが付く物はかなり異なり、Ｍ／Ｂにグラフィック機能を持っている事を示します。

サウスブリッジはSB950→SB850→SB750（同じく単純化）の順で、こちらは基本的にＨＤＤなど周辺機器とのデータのやり取りに関係があります。
SB950とSB850も差は速度の差ですので、ＳＳＤなどの高速な記憶装置を使わなければ無視して良いですが、SB850とSB750の差はSATA3.0とUSB3.0に対応しているか否かなので、現在、新品で売られているＨＤＤを使う場合は注意しなければいけません。


続いて、グラフィックカードの選び方についてです。

GeForceシリーズは500番台→400番台→200番台→9000番台→8000番台の順で新しい物です。
そして十の位（9000番以前に置いては百の位）が性能を示します。その後のアルファベットで補佐的に性能を示します。
ですので、お示しの560tiと8400GSを比べると、数十倍近い性能差があります。
グラフィック性能は、良ければ何でも良いのではなく、必要な性能を見極めなければ、際限なく費用が掛かります。


続いてＨＤＤについてです。

ＨＤＤについては性能と言うより価格が問題になっています。と言うのが今年のタイの洪水が原因で、世界の殆どのＨＤＤメーカーに部品の供給問題が起こり、現在価格が高騰しています。
そこで注目されているのは、逆に価格がこなれてきたＳＳＤです。
これはＨＤＤに比べ数倍以上早いので、起動時間が半減するなど、体感できる差があります。ただし、容量あたりの価格は非常に高価なので、ＨＤＤと組み合わせて使うと大変効果的です。
その際は前述のＳＡＴＡ3.0（６Ｇ転送）に対応しているか確認が必要です。（６Ｇ転送で無い場合、ＳＳＤの効果は半減する）


ついででドライブについて
高価な物と安価な物の差は、回転音が静かかどうか程度の差で、性能的にはほぼ変わりません。ですので、何でも良いと思います。
むしろ気をつけるのは、接続にＳＡＴＡを使う物と従来のＩＤＥを使う物があります。どちらでも良いのですが、最近のＭ／ＢにはＩＤＥが無い物もあり、ケース内の取り回しを考えればＳＡＴＡの方が良いでしょう。


総括してあなたにアドバイス

もし、あなたが560tiを2枚買って、SLiを組む位のグラフィック性能を必要としているなら、2回目にお考えの構成でも良いと思います。
ただし、この場合、ＣＰＵがＦＸ4100では非常に不釣合いになりますので、最高のＦＸ8150を選ぶ必要があるでしょう。

もし、560ti一枚で事が足りるなら、2枚挿しに対応するＭ／Ｂを選ぶ必要はありません。チップセットは970で十分でしょう。ただし、この場合でもＣＰＵがＦＸ4100では非力だと思います。

もし、当初考えられた8400ＧＳ程度のグラフィック性能で良いのなら、890Ｇなど、グラフィック機能のあるＭ／Ｂを選ばれた方が高性能かつ安価です。事実上、ＦＸ4100はこの組み合わせ以外、使い道がありません。

最後に一番のお勧めは、実はＡＭ３+フォームファクタを使わないことです。
ＡＭＤはＦＭ１と言うフォームファクタをリリースしていて、こちらはＣＰＵにグラフィック機能を統合している事が特徴です。
ＡＭ３+は今後、内蔵型グラフィックでは対応できない位の、グラフィック性能が必要な、ヘビーユーザーの為の物になって行きます。
したがって、中程度のグラフィック機能でよい場合は、コストパフォーマンス的にＦＭ１の方が有利になります。
具体的にはＡ8-3850を使ったＰＣはＦＸ4100+安いグラフィックカードのＰＣより安価で高性能です。