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長文お許しください。
まず、
WA1100は、2台（親機子機）セットで、壁のコンセントにつなぐことで、壁の中の電源コードを利用してデータ通信をつなぐPLCという機器ですが、「増設用」となっていて「単品」で売られているものなら。無線LANの中継器として利用できます。もし、「増設用」でないなら、中継器としては使えません。

「増設用」をお持ちという前提で進めます。

WA1100ワイヤレスアダプタの横にAOSSというボタンがありませんか?
WZR2-G300Nにも、AOSSと書かれたボタンがあるはずです。

まず、
①WA1100をWZR2-G300Nの近くに持ってきて、電源を入れます。
②WZR2-G300NのAOSSボタンを数秒間 ランプの一つが点滅するまで長押しします。
③WA1100のAOSSボタンを数秒間 Wirelessランプが点滅するまで長押しします。
④両方のランプの点滅が終わるまで（２～３分）待ちます。
⑤ランプが常時点灯に変わったら完了です。点滅が止まらない場合は、WA1100の電源を抜いて、①からやり直しです。
⑥それでもだめな場合は、手動設定になります。
http://www.ntt-west.co.jp/kiki/support/pdf/WA-1100-S_manual_1207.pdf
↑の58頁あたりの 「AOSSボタンが無い場合」をご参照ください。

次に
WA1100をパソコンの近くに持っていきます。
パソコンには事前にWZR2-G300Nに同梱されているCDから、クライアントマネージャーというソフトをインストールしてください。（WindowsXPまでは「３」を、WindowsVista・７・８は「V」を）
CDが無い場合は、↓からダウンロード
http://buffalo.jp/download/driver/lan/clmg5.html
使い方↓
http://buffalo.jp/download/manual/html/air1200/top/clmngv.html

準備できたら、
①WA1100の電源を入れランプが常時点灯するまで待ちます。
②パソコンで、クライアントマネージャーを起動します。「接続先の作成」まで進みます。
詳しい使い方は、上記参照。
③WA1100のAOSSを長押しします。
④パソコンのクライアントマネージャー「接続先の作成」画面で「AOSS」ボタンをクリックします。
⑤２～3分で、設定が完了します。
⑥Wa1100を中継点（WZR2-G300Nの電波が届く範囲）で、できる限りパソコンに近いところに設置します。

以上で、大丈夫なはずです。

ところで、
根本的なことなんですが、なぜ、WZR2-G300Nを購入されたのでしょうか？
ルーターというのは、ルーターが中心となってパソコンなどをつなぐ小さなネットワーク（家庭内LAN）を作り、ルーターにつながるネット回線を家庭内LAN内のパソコンなどに中継する機能があります。
ご自身も書かれているように「PR-S300NE」はルーターで、しかも「SC-40NEという カード型の物」を挿すことで無線機能を追加されていますので、これだけで無線LANが使える状態です。
なので、今現在、PR-S300NEの電波と、WZR2-G300Nの電波の2つが飛んでいて、パソコン類はWZR2-G300Nの方だけを使っている状態だと思います。

つまり、WA1100とは別に、
（ケーブルを伸ばすので美しくないですが）WZR2-G300NをPR-S300NEから離れた場所に配置すれば、
PR-S300NEの周りではPR-S300NEの電波を使い、離れたところではWZR2-G300Nの電波を使うという使い方が可能です。

※PR-S300NEはAOSSボタンではなく「かんたんスタート」ボタンになります。
WA1100とつなぐ際は、このボタンを押します。
PR-S300NEとパソコンを無線LANでつなぐ場合は、↓からソフトをダウンロード・インストールします。
http://www.aterm.jp/web/model/rakurakuex.html

余計なお世話かもしれませんが、無意味な機器構成をされているように見えます。

まず、SC-40NEは無線LAN用のカードです。WZR2-G300Nと機能がカブりますね。
次にWA1100ですがこれも同様に無線LANの設備ですね。これが他と異なるのはPLC(電力線搬送通信)である事だけですね。
特にSC-40NEは無線LAN機器レンタル代が毎月かかっていませんか？無意味な物は解約したほうが良いですよ。

買ってしまったので今更ですが、市販のルータ(Aterm WG1800HPとか)２〜３台にした方がＰＬＣよりも速度などの性能の点や設定のやりやすさなどでも利点が多かったように思えます。
お持ちのバッファロー社の製品も接続や設定の説明がわかり難くて有名です。

このままWA1100を使うのであれば、やりたい事からするとSC-40NEとWZR2-G300Nはあきらかに不要に思えます。
現在つながっている環境を排除するのには勇気が要りますが、そのせいでうまくつなげない事もよくあります。
スキルが有れば問題なく設置できますが、人に聞きながらする事では無いし、今後もトラブルの元なのでまずは撤去する事をおすすめします。

その上でWA1100を取り扱い説明書３３ページからの通りに設置してみては如何でしょうか？