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Amazonでの割引率だけを理由に上位かどうか判断するのはどうかと思います。
せめて他の販売店も含めた平均価格などを参考にするのをお勧めします。
また価格が近いのなら割引率が高いほうが定価が高いのですから「上位機種ではないか？」と考えるべきではないでしょうか。
(普通は、発売日が近いなら定価の差からざっと判断しますよね)

上位機種かどうかなど性能の差が知りたい場合は普通はまずメーカーのページを参照してください。


1のHD-CN1.0TU2 よりは、2のHD-HES1.0TU2 のほうが総合的にみて上位機種の位置付けと思われます。


その主な理由は1が1年保証に対して2は3年保証です。
2には他にも冷却FANオプション(別売)があり、Acronis製ソフトも付属し、TurboUSB対応です。
なにより、定価が2倍以上高く設定されています。

両者とも電源はACアダプタではなく本体内蔵です。3のI-O製はACアダプタです。
HDDのことを考えると熱源を外部に追い出している方が良さそうですが、ケース全体でHDDの廃熱を設計しているBaffaloのほうがいいかもしれません。
(3のケースの高級感の無さは折り紙付きのようですし)

データ読み書き速度はI-O製を含みいずれもUSBなので違いはほとんど無いと思われます。
ただし、TurboUSBを利用した場合はおそらく2がもっとも高速です。(実測で10%～20%程度高速になるようです)

音の静かさについては、いずれもファンを搭載しない自然給排気システムですので似たり寄ったりでしょう。
ややBaffaloのケースのほうがHDDの振動と共振しにくそうな設計になっているように感じますが気のせいレベルの差でしょう。

どれがお勧めかと問われれば、USB外付けHDDなんて「どれでも良い」が私の答えです。実際そんなに変わりませんから。
(音についてはファンレスかどうかがほとんどすべての要因です)

安いのを買えばよいと思いますが、価格が似たり寄ったりという事であれば上位機種でTurboUSBにも対応している2をお勧めします。終息で超特価になっているわけですし。(そもそも元の定価が高過ぎるとは思いますが)