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「快適に」が絶対条件であれば「買い換えろ」しか答えはありません。
PCIでも高性能なビデオカードはあるのですが、搭載チップが高性能で、メモリが大量に載っているだけであって、バスそのものが低速なので、やっぱり遅いです。
ソフトウェアが一気にデータをビデオカードに溜め込み、カードの中で完結する処理がおおければ別ですが、前提となるシステムがそういう制限があるものではないのでそのようなつくりにすることは多くありません。
ビデオカードとメインメモリの間での転送速度が極端に遅く、更に別のPCIデバイスとも帯域を共有しますので、実利用では更に速度は低下します。
また、ビデオカード自体が、PCIでは数が出ないため、相対的に高価であり、下手すると安い本体なら手が届きそうな勢いだったりもしますし、増設により、逆に体感速度が低下することもままあります。