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core i3-540とcore i5-661の大きな違いは、「ターボブーストテクノロジー」と呼ばれる技術が搭載されているかどうかになると思います。動作周波数の違いがもともとありますが。ちなみに、消費電力や排熱はi3-540の方が少し動作が遅い分優れています。動画のエンコードを行うのであったら、出来るだけ高性能なCPUが望ましいと思われます。たとえば、i3 540でしたらどんな状況でも3.06GHzでしか動作しません。（BIOSで設定を変えない限りは）ただし、i5 661ですとCPUの排熱が排熱設計以内で収まる範囲で勝手に高速に動くようになっています。（3.33GHz→3.60GHｚが最大）ただ、1分１秒を争うような時間が必要であればi5をお選びになると良いと思いますが、基本的にそこまで性能の違いはありません。OS処理などひっくるめると最大でも1.1～1.2倍程度しかエンコード時間は違いません。また、性能は使うソフトウェアによっても異なります。２コア同時に使えるようなソフトですと、性能の差はほとんどありませんｗ（２コアとはCPUという、人間で例えると脳になりますが、その「脳」が２個あるようなものです）携帯動画変換君でしたら１コアのみしか使用しません（作者様、すみませんがソフト名お借りします）ただしi5でも700番台や、i7などはコアが４コアで単純な性能はおよそ倍になりますのでご注意を。ちなみに、MR4000は最低価格64800円からなので４万はちょっと無理ですｗ逆にグラフィックボードはいらないかも知れません。。。