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ファイルを削除したり保存したりで断片化するんじゃないの。削除した領域に新たに保存しようとして足らないと足らない分を飛び地に保存するんだと思いますけど。その繰り返し、、、

まあ簡単に言うと断片化とはファイルのかけらがHDD内に散らばった状態です。
人で例えると本と机がいいでしょう。
ファイルが本で、机がHDDだとすると、中のページがバラバラになって机の上に散乱している状態です。
（HDDはデーターをバラしてバラバラに書き込みます）
Windowsはそのかけらの一つ一つにタグをつけて管理しているので
そのかけらを拾い集めてファイルを開くんです。
散らばりが広範囲に及べば及ぶほど、すべてを探し出すのに時間がかかるのでファイルを開いたりウィンドウズの起動が遅くなるんです。
その散乱の度合いが断片化です

わかりにくい説明で申し訳ないです

普通に使っていても断片化は起こります。詳しい理由は特定できませんが、定期的にディスクのクリーンアップを行っていないと、断片化は進む一方です。

お使いのストレージがＨＤＤなのでしたら、1ヶ月に１度くらいはデフラグをかけた方がいいと思いますね。

ただ、自動でデフラグがかかる設定にはしていないんですか？

手動で行うなら１ヶ月に１回くらいの頻度でデフラグして下さい。