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元スタンドでバイトしていた身としてアドバイスです。

まず、ATのミッションは、大体２万キロごとにATFの交換が推奨されています。（メーカーによっても違うのでマニュアル参照のこと）
しかしながら、ATF自体は完全に抜いてから新油を入れるのではなく、出口から抜きながら入り口より新油を足す形で循環交換する手順をとります。
そのため、新油と古いオイルが混ざることになり、交換期間が長すぎると新油と古いオイルにギャップが出すぎて綺麗に混ざらず、変速ショックが大きくなるなどの症状が出ると聞いています。

もう一つは、ATと混同しやすいものでCVTがあり、これらのオイルは微妙に違い、CVTにATFを入れるとギアスベリなどの症状がでます。

こういった知識がないまま交換を進めてくるスタンドは実は結構あると思います。
そして、ユーザー側も分からないまま交換するものの、症状が体感できないため流してしまってるケースが多いのも事実でしょう。

今回のケースでも、ATF交換がミッションの不具合の直接的な原因かどうか特定することができないため、スタンドに言ってもはぐらかされるのがオチだと思います。
また、実際にATを分解してATFによらない不具合が見つかった場合は、逆にスタンドからあなたが文句を言われる可能性もあります。

お力になれる回答ではなく申し訳ありませんが、ATF交換によるATの不具合だけでなく、車の整備全般でこういった整備側の責任が証明しにくいトラブルは沢山あり、ユーザーが泣きを見るケースはかなり多いと思います。
せめてものアドバイスとしては、ユーザもそれなりの知識を持たなければならないということと、信頼できる工場やディーラーを見つけて、そこに継続して任せることが大事だと思います。（お得意様になればめったな悪さはできないでしょうし）