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１．簡単に言うとVRモードはDVDのデータ形式、AVCモードはブルーレイのデータ形式となります。ハイビジョン映像に関してはブルーレイにしか記録できませんのでデータ形式は全てAVCとなりますが、標準画質に関してはブルーレイでもDVDでも録画できるため、VRモード、AVCモードのどちらでも使用可能です。
外部機器からアナログ接続で録画すると標準画質となりますが、この際メーカーによってどちらのモードを採用するかが異なっています。東芝やパナソニックはVRモードを、ソニーやシャープはAVCモードを採用しています。
ですから、必ずしも外部入力だからVRモードになるというわけではなく、東芝に関してはそういう仕様だと言うことです。

なお、このために標準画質を録画したものをディスクにダビングする場合、VRモードを採用している東芝、パナソニックはDVDへは高速ダビング可、ブルーレイへは高速ダビング不可で必ず等速ダビングになりますし、逆にソニーやシャープはDVDへは高速ダビング不可、ブルーレイへは可という違いが生じます。


２．東芝のレコーダーは録画モードを大変に細かく指定できます。VRモードは1.0～9.2の39段階、AVCは1.4～17.0の58段階から選べます。ただし、初期に「録画モード」ボタンで切り替えられるのはDRモードと５段階だけです。
この５段階は変更可能で、録画の際に画面の下にある「録画品質」を選ぶと設定メニューが出ます。その中の「設定初期値の１～５を変更」から変更可能で、例えばVR 4.6をVR 1.4にするとか、AVC 12.0をVR 9.2に設定し直したりできます。また、「個別指定」を選んでその録画の際のモードを設定することもできます。
録画モードの数字は大きいほど高画質ですが、録画時間も少なくなります。VRモードの場合、最大の9.2だとDVDに約１時間しか録画できませんが、1.0だと８時間くらい録画できます。なお、東芝は音質も３段階から選ぶことができ、標準のDM1は上記の通りですが高音質のDM2やL-PCMを選ぶとそれだけ録画可能時間が減ります。

ちなみに東芝は標準画質はVRモードで録画するため、ブルーレイへは高速ダビングができません。AVCモードに変換しながらの録画となるため、ほぼ実時間かかりますし、その際に画質が劣化します。ですから、標準画質の記録にはDVDを使う方がいいでしょう。

P.S.
> 録画時の品質と変換時の品質を高くすれば、その分は劣化が抑えられるのでしょうか？

もちろん最高画質で録画し、最高画質でダビングするのが一番画質の劣化を抑えられます。ただし、全く劣化しない高速ダビングと異なり、どうしても幾分かは劣化します。