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2台1TBの外付けHDD(正確には内蔵用HDD+HDDケース)フォーマットしましたが, 1台は3時間, もう1台は7時間でした。この差はケースの性能の違いもあるでしょうが, 主に中身のHDDの回転数の違いだと思います。(前者は7200rpm, 後者は5400rpm)

Windowsの通常フォーマットは「クイックフォーマット+ディスクのエラーチェック」で, エラーチェックの時間が大半を占めます。

>ボリュームに対して標準フォーマットを実行するように選択した場合、フォーマットするボリュームからファイルが削除され、ハード ディスクの不良セクタがスキャンされます。不良セクタのスキャンは、ボリュームのフォーマットにかかる時間の大半を占めます。
http://support.microsoft.com/kb/302686/ja

ここで異様に時間がかかるということは, ディスクに相当量の不良が発生していて, エラーチェックが難航しているのでしょう。

もう一つの可能性は, 中身のHDDは無傷で, HDDケースの方の回路が壊れているという場合で, 実際はこちらのほうが多かったりします。