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50Dと７Dのストロークは概ね同じですよね。また、５D2、１D３、１D４も同じ程度だった気がします。
１DXは明らかに短くなってダイレクトな感じが良好だと感じていましたが、５D3も同様で、７Dより更に短くなっていますので、仕様でしょう。
もしかしたら組み付け不良の可能性も無いとは言えませんが、半押しフォーカシングとレリーズのそれぞれがアクティブのようですので、なんとも分かりかねます。

個人的にはバネを押し込んでいるようなシャッタは好きではないので、短いのは歓迎なのですが・・・慣れるに従って違和感はなくなっていくと思いますよ。車のブレーキストロークみたいなものかな、と。

どうしてもレリーズストロークに慣れないのであれば、AFの方式をAF設定共に変更する必要がありそうですね。
余談となるかご参考となるか分かりませんが、５D２ではAF-ONボタンで親指AF、半押しでのAF無効→親指AF→レリーズはレリーズのみというのが出来ましたが、５D3ではこれが無効になり、AF-ONボタンを押しっぱなしにしないとレリーズ時に半押しAFがまた働いてしまうようです。

そのため私自身も勝手の違いに戸惑いましたし「なんだこの駄目仕様は！」と思っていましたが、慣れましたよ。

だいぶ昔の話ですが、ある知人はシャッタストロークに慣れなくてやってられないと憤り、レリーズボタンの上にウレタンだったかゴムだったか、弾性の高い素材を貼り付けていました。そうすることで「カチッ」という感覚は完全に失われてしまうものの、自分好みのストロークで「AF→レリーズ」と使えるからとのことでした。