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一般的に情報量が増えるとデータ量が大きくなり撮影可能枚数に影響します。
撮影した画像のサイズを見ればカメラが同じ設定でも一枚一枚データサイズが違うのはお分かりになると思います。

キヤノンは感度の変更に伴って撮影可能枚数が減ることはどこかのサイトで指摘されていました。そのサイトの報告ではニコンは感度の変更によって撮影枚数が変わることは無いそうです。

おそらくキヤノンの撮影可能枚数の計算時には画像サイズ・圧縮形式とISO感度が計算条件に入っていて、ニコンの場合は画像サイズ・圧縮形式のみで計算しているということなのでしょうね。
高感度にすればデータ量が大きくなるかは三脚固定で同じ被写体を同じ条件でISO値だけ変えて撮影してみれば分かると思います。条件を薄暗い部屋などにすればより差がはっきりするでしょう。

撮影可能枚数は現在と同じ設定で撮影したときにあと何枚撮影できるかの目安であって、実際には被写体や撮影条件によってデータ量は大きく変わるのでその枚数の撮影を保証するものではありません。
基本的には残枚数が少なくなるにしたがって精度は上がってきますので実使用上大きな問題とはなりえないですね。