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CMYKカラーで作成した物を「Webおよびデバイス用に保存」(→RGBモード)で書き出しているからではないでしょうか？

CMYKモードと、RGBモードでは、カラープロファイルが異なりますので、それで色の差が出ている可能性があります。

「Webおよびデバイス用に保存」することを前提にしているのなら、保存前にモードの変換をして、色の確認を行った方が良いのでは？

あと、ディスプレイの調整がちゃんと出来ていないことも考えられますね。
簡単でも良いので、ディスプレイの調整をしてみることをお勧めします。
↓
～お手軽ディスプレイ・チェックのコーナー～
http://www6.plala.or.jp/bungen/gal-photo/xx-display/display.html


【補足について】
> Webおよびデバイスで保存する時に「sRGBに変換」にチェックが入っているのですが、
> そのせいでディスプレイ上では違和感を感じなかったのでしょうか…？
↓
もともと、CMYKモードと、RGBモードでは扱える色の領域が異なる上に、あなたのPhotoshopの「カラー」設定がどのようになっているのかは、こちらでは解りかねますので、詳しくは解りません。
また、「EPSON附属のprintCD」というソフトが、CMYKモードの画像が扱えるのかどうかも解りません。
一般ユーザー向けのソフトの場合は、CMYKモードのJPEG画像は扱えない場合が多いので、RGBモードで書き出す必要があるかもしれません。

プロファイルの影響を無くしたいなら、保存の時のオプションで、プロファィルを埋め込まない設定で保存して、それを印刷してみればいいと思います。
また、プリンターの方で、プロファイルをコントロールしている場合もあるので、プリンタのユーザーガイドや電子マニュアルなども確認しておいた方が良いかもしれません。