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＞ビデオの本体での再生は問題ありません。
＞ImageMixerを使用しパソコンと接続するとビデオファイルが認識されません。
＞ビデオカメラ本体で内蔵のメモリーからSDカードにコピーするとビデオファイルがImageMixerで認識され、保存やDVD作成が可能になります。

ということは取り敢えず実害は無いのですね。
であるならば、今入っている映像ファイル全部をSDにコピーして、フラッシュメモリーを全消去してみては如何でしょう。
実は私も先日、似たような真逆のこと（なんじゃそりゃ？）をやってしまいました。
XR500Vの中のファイルをフォルダ丸ごとPCにコピーしました。その後、PC上からXRのHDD上にあるファイルを削除して、もう一度XRにフォルダ構成ごと書き戻してみました。当然元どおりになるだろと思ったのですが、XRのHDDには50GBものファイルが入っているにも拘らず、カメラ側からは認識されないのです。PC側から、書き戻したXR上のファイルにアクセスすると正常に視聴できます。
ね、良く似ていて真逆でしょ。
おそらくPC上からファイルを削除したときに管理用の隠しファイルも一緒に捨ててしまったのだと思います。

で、どうしたかと言えばHDDを全消去しました。すると、記録容量は０になり、その後正常に使用できています。


＞ビデオカメラ内のフォルダを確認すると【M2TS】ファイルが無くなってしまっています。

ちょっと引っかかるのがこの部分なんですが、USBで繋げば外部HDDとして認識されて、HF11内のフラッシュメモリにアクセス出来ているのですよね。ところが有るはずのm2tsファイルが見当たらない…。う〜ん、何なんでしょ？
今まではImageMixerで正常に動作していたのですか？まさか対応OSが違っていた、というオチじゃないですよね？

取り敢えず、フラッシュメモリの全クリをやってみてはどうでしょう。動作環境が適合しているのにそれでも使えない、というのであればピクセラのサポへ連絡ですね。