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タイプSはサスペンションが違います。
あと、フロントスポイラー・リアウイング・ストレーキ等により空力が考えられています。
また、スペアタイヤを無くしてパンク修理キットに変えるなどの軽量化が図られています。
その他、シフトノブが丸かったり、新車購入のときに選べるシートの種類がが増えたりといった感じです。

個人的には、S2000に乗る人は自分のこだわりがある人が多いので、自分で足回りを変えたりエアロをつければ、わざわざタイプSを選ぶ必要はないと思いました。実際、私はタイプSではなく、ベースグレードを買って、足回り・エアロ交換をし、スペアタイヤをなくしてパンク修理キットに変え、シフトノブをタイプSのものにしています。
ホンダが作った完成車にそのまま乗りたい・売るときの査定を上げたい等の理由があればタイプSを選ぶ価値はありますが、自分で改造する予定があれば選ぶ意味はないと思います。

予算が350万円あれば、タイプSでも高年式・低走行の程度のいいものが買えるはずです。強いて言うなら無改造（足回りを交換した跡等も無いもの）の方が激しい走り方をされているリスクは減ります。

S2000に国内のライバル車はいません。
私がS2000を購入するときも迷った相手はロータス・エリーゼです。
ディーラーに聞いた話だと、基本的にS2000の購入を検討している人で対抗車として考えるのはロータスが多かったそうです。
また、最終型のRX7を勧められている方もおられるようで、確かに最終型のRX7はいい車だと思います。しかし、この車は車の性質上、激しい乗り方をされているものが少なくなく、ボディ剛性も強い車ではないため、慎重に選ばないと変なのを掴まされます。
質問者様が分かるのであればいいですが、分からない場合は車をよく知っている人と選んだ方がいいと思います。