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画質設定の差で記録時間が延びた訳じゃないですね。
D90だと撮影メニューの設定で長秒時ノイズ低減の処理をOffに出来ますよ。
長秒時のノイズは画面のあちこちに出る輝点ではなく画面の一部に赤などの色ムラが出るタイプの熱ノイズです。
（輝点ノイズやカラーノイズは高感度ノイズです）
かなりの長時間露光で無いと長秒時ノイズは出てこないのでどの位の露光時間で出てくるのか事前にテストして確認する方が良いですよ。
後で合成するなら長秒時ノイズが出ない範囲での露光にしておき明合成すれば長時間露光と同じ効果が出せますし背景の暗黒が引き立つので良いですよ。
5分露光だと背景が少し明るくなってしまいませんでしたか？

蛍の光はかなり弱いのでISO感度を高く、絞り値を小さくして対応する方が良いですね。
ISO200は低すぎて長秒時露光でも蛍の光は弱いですよ。
ISO1600以上が良いですよ。
露光時間は背景が明るくならないギリギリを狙うので長くても2，3分にして連続撮影をして後から明合成すると良いですよ。
上にも書きましたが長秒時ノイズリダクションはOff、高感度ノイズ低減は明合成するならOffか弱めがお勧めです。
（明合成する段階で弱まってくれますしRAW現像しに弱める事も可能です）
背景が明るい状態ならRAW現像時に明るさを落として背景を暗くすると見栄えが良くなります。

花火だと更に短い露光時間ですしISO感度ももう少し低く出来ます。

暗所の設定は自分の好みが決まるまで試行錯誤して決めると良いですよ。
ちょっとした設定の違い、後処理の違いで最終的な写真も違ってくるので好みの設定は人それぞれですから。