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50Dの方が２～３万ほど高いと思いますが。ランク分けの境界は各社ともに違いますが、D90はエントリー機、50Dは中級機の位置づけだった思います。スペック的にはD90はD300と同じものを持っているので、中級機に全く引けをとらないです。D80とはあらゆる面で凌駕しています。50Dは、40Dより画質や連写速度の劣化しない高画素数モデル。40Dとの最大の違いが液晶が高精彩になったことといって差し支えないから、安定した40Dの方が良いかもしれないです。Canonは初期出荷の不良品が多いですから。

D90はHD動画が撮れます。現状では唯一動画撮影が可能なモデルです。従来機ではどうでもいい機能であったライブビューを生かすことが出来る。動画はMFのみです。
ライブビューはコンデジから入った初心者に好まれますが、AFMFともに精度が悪くなりますし、手ブレの原因にもなります。
他にも、魚眼効果や歪み補正、傾き補正といった機能が付いています。
D90にはこういった遊び心があります。
D90の方が操作性に優れている（50Dのボタン位置は構えたまま操作できない）。レンズが優秀。オート時のWBが良い。D90のAF時の合焦がものすごく遅いです。

50Dにはレンズのデータを取り込んでレンズ周辺光量補正ができたり、質感など中級機らしさがあります。
50Dは画素数が90Dより大きいです。連続撮影も早いです。画素数が大きいと、ノイズやダイナミックレンジで不利になりますが、新しく採用されたDIGIC4の性能でカバーされています。1200万画素でも、A2まで引き伸ばせるのでそれ以上はデータ要領が増えるだけです。連写はD90でも十分かと思うので決め手にはならないでしょう。
50Dは、D90よりも白とびが少ない。超高感度撮影ができます（実用感度まではわからないけれど）。WBオートだと、撮影環境に関わらず黄色味になってしまいます。クリエイティブ全自動モードなど知識のない初心者でも使いこなせる設計だが、写真の勉強には向かないと思います。

AFの遅いところを除けば、実力はD90の方が上だと思います。二機種の性能だけでなく、レンズのラインナップや今後の伸びも考慮すると良いと思います。一眼ではレンズにボデーの何倍もの金がかかることも忘れずに。
まずはともかく、カメラ店に赴いて、試し撮りしてみるのが良いでしょう。使いやすく、自分が撮りたい写真を撮れるカメラが一番愛着を持てるのですから。