質問者が納得整備書のトラブルシューティングでで確認しましたが、これは結構厄介ですよ。
考えられる原因は多岐にわたりますので、可能性が高いと思われる原因を回答します。
ヒューズが問題なく、スイッチも問題なければTWS（トータルワイヤリングシステム）ユニットNO．２のトラブルかと思います。
運転席下に電極回路をまとめたボックスがあるのですが、このボックスにパワーウインドウの回路もあります。
このボックス関係が怪しいかと思います。ヒューズが切れてなくて両方動かないのですから。
整備書ではこのボックスの通電確認の指示...
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