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エスティマの2.4Ｌですが、車両重量が1,770kg以上であれば、エコカー対象です。
標準仕様ではこの重量に達していませんが、メーカーオプションの装着で重量増ならOK。
（販売店装着分は重量対象外）
質問にある通り、車検証に「平成22年度燃費基準25％向上達成車」との記載があれば、条件を満たしています。
その他にも、「２１年度税制 新規登録75％減税措置」という記載もあると思います。
（1,760kg以下の標準仕様だと、ここが「５０％減税措置」となり、見分けできます。）
完全に、販売店担当者の知識不足でしょう。

補助金については、先日国会で可決されており、現在申請受け付けの準備中の様です。
既に、要綱が発表されており、支給要件にも前掲の「H22基準25％」という書き方がされています。
http://www.mlit.go.jp/jidosha/jidosha_fr10_000012.html
受付は４月からのようですから、もう少し待ってください。